宣城市机械电子工程学校按照“统一领导，分部管理；系部为主，科室服务”的原则，实施学校系部制管理模式。学校内设党政办、教务科、实习实训科、学生科、总务科及网络信息中心、科研处、宣传中心、培训中心等职能科室。