菏泽工程技师学院现设有汽车工程系、智能制造工程系、电气工程与自动化系、信息工程系、商务贸易系、酒店服务系、基础教学部六系一部教学机构。开设有焊接加工技术、数控加工技术、汽车检测与维修、汽车技术服务与营销、机电一体化、工业机器人应用与维护、烹饪、中西式面点、计算机科学与技术、室内设计、电子商务、会计、眼视光技术等专业；基础教学部开设汽车检测与维修、数字媒体、网络技术、软件与应用技术、机械制造技术、会计电算化、幼儿教育等专业。

菏泽工程技师学院专业设置

幼儿教育、汽车维修、数控加工（数控车工）、焊接加工、机电一体化技术、工业机器人应用与维护、计算机应用与维修、室内设计、电子商务、会计、眼视光技术、烹饪（中式烹调）、数字媒体技术应用、计算机网络应用、计算机程序设计专业。

菏泽工程技师学院毕业生待遇

学生毕业后颁发高级班毕业证、高级技能等级证。根据鲁办发[2019]9号文件规定，技工院校取得相应等级职业资格(职业技能等级)证书的中级工班、高级工班、预备技师班毕业生在应征入伍、参加公务员招考、专业技术职称评审、执业资格考试、企事业单位招聘、“三支一扶”招募、确定工资起点标准、就业创业扶持等方面，分别按照中专、大专、本科毕业生享受相关待遇。